Źródła pisane i archeologia wskazują na przykład, że miasto było w dużej mierze opuszczone przez ok. 300 lat, od końca XVIII w. p.n.e. aż do końca XV w. p.n.e., kiedy to odrodziło się za rządów Kasytów w XIV i XIII w. p.n.e. Podobnie Nippur wydaje się być w dużej mierze opuszczone w II i I w. p.n.e., by potem przeżyć okres odrodzenia za panowania partyjskiego króla Wologazesa II (I w. n.e.).
Wykopaliska thumb|350px|plan Niffar – stanowiska archeologicznego kryjącego pozostałości miasta Nippur Wykopaliska prowadzone były w Nippur od samego początku dziejów prac archeologicznych w Iraku. Austen Henry Layard spędził tu dwa tygodnie w styczniu i lutym 1851 roku, ale wydaje się, że zniechęciły go rezultaty prac. Amerykańska ekspedycja archeologiczna związana z University of Pennsylvania przeprowadziła tu cztery kampanie wykopaliskowe w latach 1888-1900. W 1948 roku wykopaliska na stanowisku rozpoczęły University Museum of the University of Pennsylvania i Oriental Institute of the University of Chicago. Połączona wyprawa pod kierunkiem Donalda E. McCowna skupiła swe prace na kompleksie świątynnym z ziguratem i otworzyła dwa wykopy sondażowe (TA i TB) na Wzgórzu tabliczek. Ekspedycja kontynuowała prace przez drugi (1949/50) i trzeci (1951/52) sezony wykopaliskowe. Rezultaty opublikowane zostały w Nippur I (McCown i Haines, 1967).