Od stycznia 1913 roku para rezydowała na ..
Cesarzowa 21 listopada 1916 zmarł cesarz Franciszek Józef I. Karol jako pierwszy w kolejce do tronu został koronowany wraz z Zytą, 30 grudnia, w Budapeszcie. Cesarz Karol wysłał swoich szwagrów, Ksawerego i Sykstusa, by próbowali wynegocjować pokój, który miał położyć kres wojnie.
Zyta, przezywana Włoszką, natychmiast została oskarżona o to, że zaprotegowała mężowi swoich braci. Trudne okoliczności wojenne nie przysporzyły Zycie popularności: naród austriacki uważał ją za cudzoziemkę, intrygantkę, rządzącą mężem, co było w dużym stopniu efektem propagandy nominalnie sojuszniczych Niemiec.. Z drugiej jednak strony cesarzowa często była obecna przy podejmowaniu ważnych decyzji wojskowych i cywilnych – choć najczęściej siedziała pod ścianą, czytając książki lub pisząc listy..
W trakcie wojny zaangażowała się w działalność charytatywną, którą rozpoczęła w grudniu 1916 roku zbiórką funduszy i jedzenia dla dzieci pod hasłem „Für das Kind”. Za namową cesarzowej zmianom uległo także życie dworskie – ze stołu zniknęły luksusy, a 350 koni z cesarskiej stadniny zimą 1916/1917 oddelegowano do rozwożenia opału po Wiedniu..