rdestnica Berchtolda.
Typowymi reprezentantami planktonu zwierzęcego są tu drobne skorupiaki – widłonogi, a wśród nich m.in. oczliki i rozwielitki. W części przybrzeżnej jeziora żyją stułbiopławy, wypławki alpejskie, a w mule między głazami liczne skąposzczety oraz larwy owadów. W 1937 r. Marian Gieysztor odkrył w wodach jeziora rzadki gatunek słodkowodnego wirka, nazwany później na jego cześć Gieysztoria foreli.
Morskie Oko jest jednym z nielicznych jezior tatrzańskich, w którym występują w naturalny sposób pstrągi (niektóre inne jeziora tatrzańskie zostały zarybione przez ludzi). Pochodzi to stąd, że potokami w górę nie mają ryby przystępu z powodu wysokich progów, które tworzą piękne wodospady; Białka jednak w całym biegu od Morskiego Oka aż do swego ujścia w Dunajcu nie ma kaskad – pisał w 1869 r. Walery Eljasz. Wody jeziora są jednak ubogie w organizmy, będące pożywieniem pstrąga, co odbija się na rozmiarach tych ryb. Bodaj jako pierwszy zauważył to w 1719 r. spiski badacz Tatr Georg Buchholtz senior, który pisząc o Wielkim Polskim Stawie podał: W tym stawie znajduje się wielka ilość pstrągów i łowione są tysiącami, ale bardzo płone i chude. Zwróciła na to także uwagę w 1860 r.