odwiedzająca Morskie Oko Jadwiga Łuszczewska (Deotyma), pisząc o towarzyszących jej góralach, którzy ...zbiegłszy z wędkami, przynosili pstrągi, w Morskiém Oku złowione, a które są odmienne i mniejsze od pstrągów żyjących w innych wodach. W przeszłości do jeziora docierały też lipień i dwuśrodowiskowa forma pstrąga – troć wędrowna, co częściowo potwierdzał W. Eljasz, dodając: Dotąd rozpoznano dwa rodzaje ryb w Morskiém Oku: pstrągi i łososie. Prawdopodobnie w Morskim Oku żyje (lub żył w przeszłości) również głowacz pręgopłetwy, bo w 1881 roku odłowiono tu 3 osobniki tego gatunku.
Na początku września 2021 r. zarejestrowano nad Morskim Okiem po raz pierwszy w historii pojawienie się bobra. Jego obecność stwierdzono kolejno w dwóch miejscach na brzegu jeziora. Osobnik ten przeżył zimę. Wiosną 2022 r. wyruszył w poszukiwaniu nowych terenów. Wspiął się na Szpiglasową Przełęcz, skąd jednak spadł w przepaść w kierunku Doliny Pięciu Stawów Polskich i zginął. Jeszcze jesienią tego samego roku w okolicy pojawił się jednak inny osobnik. Ślady bytowania bobra leśnicy TPN rejestrowali w następnych latach. W kwietniu 2026 r. miała miejsce bezpośrednia obserwacja tego zwierzęcia na skraju lodowej tafli pokrywającej jeszcze część jeziora. Bóbr spędził zimę w żeremiu zlokalizowanym pod skałami w okolicach Dwoistej Siklawy.