Dyrektoriat i intryga W roku 1795 Sieyès udał się z misją dyplomatyczną do Hagi, gdzie zawarł traktat pomiędzy Francją a Republiką Batawską. Z odrazą odniósł się do konstytucji z roku 1795 (która wprowadziła instytucję dyrektorów) i odmówił zasiadania w Dyrektoriacie. W maju 1798 roku udał się jako pełnomocnik Francji do Berlina w celu nakłonienia Prus do sprzymierzenia się z Francją przeciwko drugiej koalicji. Pomimo znacznych wysiłków, misja nie powiodła się.
Autorytet Sieyèsa wzrósł, wskutek czego w maju 1799 roku wstąpił do Dyrektoriatu na miejsce Jeana-François Rewbella. Pomimo to Sieyès snuł plany obalenia Dyrektoriatu i wizję zastąpienia rządu władcą absolutnym – rozważał pomiędzy arcyksięciem Karolem Ludwikiem Habsburgiem a Karolem Wilhelmem Ferdynandem z Brunszwiku (największym przeciwnikiem rewolucji). Próbował podkopać konstytucję, co doprowadziło do zamknięcia reaktywowanego Klubu Jakobinów, gdy ten proponował generałowi Joubertowi przygotowanie zamachu stanu.