Brumaire i konsulat Śmierć generała Jouberta podczas bitwy pod Novi oraz powrót Napoleona Bonaparte z kampanii egipskiej położyły kres projektowi Sieyèsa. Niemniej jednak, udało mu się uzyskać nowe porozumienie z Napoleonem. Po przewrocie 18 brumaire’a Sieyès stworzył projekt konstytucji, który już od dawna planował. Bonaparte całkowicie przekształcił jego dzieło, tworząc Konstytucję Roku VIII – dającą podstawę dla instytucji Konsulatu.
Sieyès wkrótce zrezygnował ze stanowiska marionetkowego konsula, które przyjął po zamachu 18 brumaire’a. Został jednym ze współtwórców Senatu Konserwatywnego (był jego przewodniczącym w roku 1799). W tym czasie otrzymał od Napoleona ogromny majątek ziemski w gminie Crosne. Po spisku z ulicy Saint-Nicaise w końcówce grudnia 1800 roku, Sieyès stał za bezwzględnymi i nielegalnymi procederami, które pozwoliły Napoleonowi oczyścić swoje otoczenie z jakobinów.
Cesarstwo i dalsze życie W okresie cesarstwa (1804-1814) Sieyès rzadko udzielał się publicznie. Gdy Napoleon powrócił do steru państwa w roku 1815 Sieyès został powołany do Izby Parów. Po drugiej restauracji królestwa w roku 1816 Sieyès został wyrzucony z Akademii przez Ludwika XVIII. Przeniósł się wówczas do Brukseli. Do ojczyzny powrócił po rewolucji lipcowej w roku 1830.