Niektóre (już wycofane) z grupy pochodnych hydrazyny były obarczone ryzykiem hepatotoksyczności. W znacznym stopniu dotyczyło to iproniazydu, w związku z czym został on wycofany z użycia, a także (w mniejszym stopniu) nialamidu, leku, który również od dawna nie jest stosowany.
Dysfunkcje seksualne nie należą do często zgłaszanych objawów niepożądanych leczenia inhibitorami MAO. Wyjątkiem jest fenelzyna, najprawdopodobniej ponieważ oprócz inhibicji MAO ma dodatkowo inny mechanizm działania, polegający na zwiększeniu poziomu GABA dzięki hamowaniu przez metabolit fenelzyny enzymu rozkładającego GABA.
Leki tej grupy dość szybko wzmagają napęd chorego na depresję, zaś poprawa nastroju następuje później. Rodzi to zwiększone ryzyko samobójstw, stąd pacjent w początkowym okresie leczenia inhibitorami MAO wymaga troskliwej opieki i obserwacjiEncyklopedyczny słownik psychiatrii pod red. L. Korzeniowskiego i S. Pużyńskiego. PZWL 1978..
Leczenie depresji Inhibitory MAO znalazły zastosowanie w leczeniu depresji, w której występują stany lękowe (szczególnie fenelzyna, posiadająca dodatkową aktywność względem enzymu rozkładającego GABA). W 1959 r.