Początkowo składał się z dowództwa i pięciu kompanii: trzech kompanii saperów, jednej szkolnej i jednej przepraw rzecznych.
W 1936 jego organizacja uległa unowocześnieniu – w jego składzie znalazły się dodatkowo park saperski i pluton gospodarczy, a z dwóch kompanii saperów sformowano zmotoryzowaną kompanię mostową i zmotoryzowaną kolumnę pontonową. Jego stan liczebny wynosił 739 żołnierzy, w tym 40 oficerów, 105 podoficerów i 594 szeregowców. Większość pododdziałów była zakwaterowana na terenie koszar w Kazuniu, natomiast kompania przepraw rzecznych stacjonowała na terenie stoczni Modlin (w widłach Wisły i Narwi). W 1936 wybudowano nowoczesne warsztaty, które zapewniały naprawę, montaż, a nawet produkcję nowego sprzętu na użytek Batalionu. Pomimo tego saperzy przez cały okres istnienia jednostki mieli problemy z brakiem nowoczesnego sprzętu i wykwalifikowanej kadry dowódczej.
Żołnierze batalionu wielokrotnie pomagali ludności cywilnej w różnych sytuacjach, biorąc udział w wielu akcjach przeciwpowodziowych i przeciwpożarowych, czy stawiając nowe mosty i przeprawy przez rzeki.
19 maja 1927 Minister Spraw Wojskowych ustalił i zatwierdził dzień 5 sierpnia jako datę święta batalionowegoDz. Rozk. MSWojsk. Nr 16 z 19 maja 1927, poz. 174..