Powrót do Grecji Wraz z powrotem do ojczyzny w 1962 Mikis powrócił do komponowania greckiej muzyki. Ten okres jego twórczości zapoczątkowany został przez cykl piosenek pt. „Epitaphios”, który stanowił jednocześnie znaczący wkład w rewolucję kulturalną mającą miejsce w kraju, gdyż podążyło za nim wielu młodych artystów. Utwory Theodorakisa bazowały na największych dziełach poezji greckiej i światowej, takich jak „Epiphania”, „Małe Cyklady”, „Romiossini”, „Romancero Gitan” czy „Axion Esti”. Chciał przywrócić greckiej muzyce godność, którą, według niego, w pewnym momencie utraciła.
W 1963 kompozytor założył Małą Ateńską Orkiestrę Symfoniczną oraz Towarzystwo Muzyczne Pireusu. 1963 to także rok kolejnego wielkiego sukcesu, jakim było skomponowanie muzyki do filmu Michalisa Kakojanisa pt. Grek Zorba, która stała się nowożytnym symbolem greckiej sztuki na całym świecie. Utwór ten jest także znany jako „Taniec sirtaki”, gdyż jest wzorowany na tradycyjnym tańcu kreteńskim.