W kolejnych latach NASK uczestniczył w tworzeniu podstawowych elementów krajowej infrastruktury internetowej. W styczniu 1992 roku w Centrum Informatycznym Uniwersytetu Warszawskiego zaprezentowano zarys struktury domeny najwyższego poziomu .pl, który stał się fundamentem późniejszego systemu krajowych nazw domenowych. W 1993 roku, decyzją Komitetu Badań Naukowych oraz Ministra Finansów, NASK został formalnie powołany jako jednostka badawczo-rozwojowa, a funkcję pierwszego dyrektora instytutu objął prof. Tomasz Hofmokl.
W pierwszej połowie lat 90. działalność instytutu koncentrowała się na rozbudowie infrastruktury sieciowej. NASK realizował projekty miejskich i ogólnokrajowych sieci komputerowych, w tym rozwój warszawskiej sieci WARMAN, zbudowanej w technologii ATM, należącej do najwcześniejszych tego typu sieci rozległych w Europie. Równolegle rozwijano usługi informacyjne dla użytkowników internetu. W 1993 roku uruchomiono serwis polska.pl, znany jako „Polska Strona Domowa” (ang. Polish Home Page), który pełnił funkcję katalogowoinformacyjną i jest powszechnie uznawany za pierwszą publicznie dostępną stronę internetową w Polsce.