Rozwój technologii World Wide Web znalazł swoje potwierdzenie w 1994 roku, kiedy podczas targów komputerowych w Pałacu Kultury i Nauki w Warszawie zaprezentowano pierwszy polski serwer WWW. W kolejnych latach NASK kontynuował rozbudowę infrastruktury, kończąc budowę sieci dla administracji państwowej oraz uruchamiając pierwszy zagraniczny węzeł sieciowy w Sztokholmie, co wzmocniło międzynarodową łączność Polski.
Pod koniec lat 90. coraz większe znaczenie w działalności NASK zaczęły odgrywać zagadnienia bezpieczeństwa teleinformatycznego. Po ataku cybernetycznym, którego instytut doświadczył 31 grudnia 1995 roku, przyspieszono prace nad utworzeniem zespołu reagowania na incydenty komputerowe. W marcu 1996 roku powstał CERT Polska – pierwszy w kraju zespół zajmujący się reagowaniem na zagrożenia w sieci, którym kierował Krzysztof Silicki. W 1997 roku, z jego inicjatywy, w Zegrzu pod Warszawą zorganizowano pierwszą konferencję SECURE, poświęconą problematyce bezpieczeństwa teleinformatycznego.