Lata 90. Węgorz (1997) był pierwszym filmem Imamury po ośmioletniej przerwie i nie zawiódł oczekiwań: ascetyczna opowieść o zazdrości i zbrodni zapewniła reżyserowi drugą Złotą Palmę na jubileuszowym 50. MFF w Cannes (ex aequo ze Smakiem wiśni Abbasa Kiarostamiego). Rok później do kin trafił Doktor Akagi (1998).
W 2001 powstała komedia romantyczna o poszukiwaniu szczęścia pt. Ciepła woda pod czerwonym mostem. Był to ostatni samodzielny film Imamury. W 2002 reżyser brał jeszcze udział w międzynarodowej koprodukcji 11.09.01 i wyreżyserował ostatnią nowelę składającą się na ten obraz.
Filmografia 1958: Skradzione pożądanie (Nusumareta yokujō, 盗まれた欲情) 1958: Bezkresne pożądanie (Hateshinaki yokubō, 果てしなき欲望) 1959: Pamiętnik Sueko (Nian-chan, にあんちゃん) 1961: Wieprze i okręty (Buta to gunkan, 豚と軍艦) 1963: Kobieta owad (Nippon konchū-ki, にっぽん昆虫記) 1964: Nieczyste pożądanie (Akai satsui, 赤い殺意) 1966: Pornograf (Erogotoshi-tachi yori: Jinrui-gaku nyūmon, エロ事師たちより 人類学入門) – wg powieści Akiyuki Nosakiego) 1967: Zniknął człowiek (Ningen jōhatsu, 人間蒸発) 1968: Głębokie pożądanie bogów (Kamigami-no fukaki yokubō, 神々の深き欲望) 1970: Historia powojennej Japonii opowiedziana przez barmankę (Nippon-sengo-shi – Madamu onboro-no seikatsu, にっぽん戦後史 マダムおんぼろの生活) 1975: Wojenne prostytutki (Karayuki-san, からゆきさん) 1979: Wyrok należy do nas