Udało mu się uniknąć egzekucji jedynie dzięki wysokiej pozycji księcia krwi i rychłej śmierci Franciszka II, 6 grudnia 1560 roku.
Pierwsza wojna religijna Nowy król, książę Orleanu Karol, od teraz Karol IX, miał jedynie niecałe dziesięć lat, konieczne więc było ustanowienie regencji. Ludwik był głęboko rozczarowany faktem, że regencję w imieniu małoletniego władcy objęła królowa-matka Katarzyna Medycejska, a nie jego starszy brat Antoni, któremu ta pozycja należała się z racji bycia pierwszym księciem krwi. Z drugiej strony oznaczało to odsunięcie od władzy Gwizjuszy, na rzecz stronnictwa umiarkowanego, które reprezentowali admirał de Coligny i minister finansów Michel de l’Hôpital, była to więc dla niego sytuacja, przynajmniej na jakiś czas, do zaakceptowania. Antoni został zaspokojony tytułem generalnego namiestnika królestwa (Lieutenant général du royaume). Podobną postawę reprezentowała druga strona, której zależało przede wszystkim na trzymaniu z dala od tronu książąt burbońskich. Tymczasem Stany Generalne, zwołane do Orleanu jeszcze przez poprzedniego króla, uchwaliły reformę religijną i utworzenie Kościoła narodowego. Uchwałę tę zastąpił edykt tolerancyjny wydany przez regentkę w styczniu 1562 roku, który zrównywał protestantów z katolikami.