Duchowieństwo katolickie odpowiedziało na to szeregiem reform oczyszczających Kościół z większości patologii, które wytykali im protestanci. Oba ruchy reformatorskie uderzały w prawa Korony, bowiem dążyły do dalekiej autonomizacji Kościołów od władzy królewskiej. Pozbawiona armii i pieniędzy regentka mogła tylko przyglądać się rozwojowi wydarzeń, licząc na to, że jej ustępstwa na rzecz protestantów, a jednocześnie trwanie przy katolicyzmie, pozwolą uniknąć wojny domowej.
Inne plany miał jednak Franciszek de Guise. W końcu 1561 roku zawiązał sojusz z dwoma innymi wielkimi katolickimi magnatami – konetablem Anne de Montmorency i marszałkiem de Saint-André – nazywany „triumwiratem”. Ich celem było nie tylko, przy pomocy króla hiszpańskiego Filpa II, wytrzebienie protestantyzmu w królestwie, ale także przejęcie regencji od królowej-matki, a nawet „całkowite wymazanie imienia i całej rasy rodziny Burbonów”. W tym celu najpierw zapewnili sobie wsparcie księcia Wirtembergii, który obiecał storpedować ewentualną koalicję protestanckich książąt Rzeszy, w zamian za swobodę szerzenia wyznania augsburskiego we Francji. Następnie przeciągnęli Antoniego de Bourbon na swoją stronę, mamiąc go obietnicami rekompensaty za zajęte przez Hiszpanów ziemie królestwa Nawarry.