Polityczne zwierzchnictwo nad NSZ sprawowała Tymczasowa Narodowa Rada Polityczna, w skład której wchodzili w równej liczbie działacze Wojennego Zarządu Głównego Stronnictwa Narodowego (secesjoniści z SN) i Organizacji Polskiej (tajna organizacja kierująca konspiracją narodowo-radykalną, której jawnymi strukturami były m.in. Grupa „Szańca” i OW ZJ). TNRP, niezależnie od pionu wojskowego – NSZ, utworzyła również Służbę Cywilną Narodu, która odgrywała rolę podziemnego zalążka cywilnej administracji państwowej. Struktura organizacyjna NSZ uwzględniała przedwojenny podział administracyjny Rzeczypospolitej Polskiej, chociaż obejmowała także tereny należące przed 1939 r. do Niemiec. Całość podległego obszaru dzieliła się na 6 Inspektoratów. Obejmowały one po kilka Okręgów (ogółem 17), te zaś podzielone były na Obwody (z uwagi na rozległość terenu lub problemy z łącznością istniały w niektórych przypadkach Podokręgi). Najmniejszymi komórkami terenowymi były Powiaty i Placówki. Na szczeblu Okręgów i Powiatów istniały komendy na czele z komendantami okręgowymi i powiatowymi. Podobny podział terytorialny posiadała AK.