Główne cele programowe NSZ zostały sformułowane w Deklaracji Narodowych Sił Zbrojnych z lutego 1943. Należały do nich przede wszystkim: walka o niepodległość Polski i jej odbudowę z granicą wschodnią sprzed 1939 (ustaloną na mocy traktatu ryskiego z 1921), a zachodnią na linii rzek Odry i Nysy Łużyckiej (tzw. koncepcja marszu na zachód), przebudowa systemu sprawowania władzy (wzmocnienie pozycji prezydenta i senatu w celu przeciwdziałania chaosowi parlamentarnemu), decentralizacja organów administracji w celu rozwinięcia samorządów, wzmocnienie pozycji rodziny w społeczeństwie, a także edukacja oparta na katolickich zasadach etycznych, utworzenie tzw. Katolickiego Państwa Polskiego, armii narodowej do obrony wspólnoty narodowej przed totalitaryzmami niemieckim i sowieckim i katolickiego państwa wyznaniowego oraz ograniczona reforma rolna i oparcie gospodarki państwa na własności prywatnej. W Deklaracji znalazła się zapowiedź „bezwzględnej walki z każdym wrogiem Państwa i Narodu Polskiego”, a także „zdecydowanego przeciwdziałania próbom uchwycenia władzy przez komunę”.