Ostatni okres wojny W sierpniu 1943 roku Ypatingasis būrys formalnie włączono w skład Legionu Łotewskiego SS, jako oddział 11. batalionu. W praktyce oddział specjalny pozostawał nadal podporządkowany wileńskiej placówce SD i policji bezpieczeństwa.
W lipcu 1944 roku, gdy Wilno ponownie zostało zajęte przez Armię Czerwoną, część policjantów zdezerterowała, a pozostali udali się do Kowna jako eskorta kolumny więźniów, których ewakuowano z więzienia w wileńskim klasztorze ss. Wizytek. Oddział zatrzymał się w Forcie IX Twierdzy Kowno, gdzie jego członkowie zamordowali około 100 więźniów. Następnie przeniesiono go w okolice Tylży, a stamtąd do obozu koncentracyjnego Stutthof. W połowie sierpnia 1944 roku litewscy policjanci wywieźli blisko 1500 żydowskich więźniarek Stutthofu do podobozu w Lubiczu pod Toruniem.
Po rozpoczęciu sowieckiej ofensywy w styczniu 1945 roku część oddziału ewakuowała się do Niemiec, a reszta uległa rozproszeniu.