Według jednej z propozycji nazwa „Papua” (indonezyjskie określenie całej wyspy, nazwa jednej z prowincji, a także fragment nazwy „Papua-Nowa Gwinea”) pochodzi właśnie z języka tidore, od wyrażenia papo ua, czyli „nieprzyłączony”. Zasugerowano, że sformułowanie to wskazuje na odległość geograficzną wyspy od państwa Tidore. Ewentualnie mogłaby to być pochodna słowa papuha (lub popuha/pupuha – częściowo zreduplikowana forma od puha, w tym samym języku – „niewolnik”). W regionie rozwinął się bowiem handel niewolnikami. Przewija się także etymologia, która wiąże tę nazwę z malajskim słowem papua (papuwa), znaczącym tyle, co „kędzierzawy”. W 1946 do użytku w Indonezji zaproponowano nową nazwę „Irian”, pochodzącą z języka biak (który jest źródłem wielu lokalnych toponimów, jak np. nazwy półwyspów Doberai i Bomberai). Zmianę tę umotywowano chęcią porzucenia tradycyjnej nazwy „Papua” – którą uznano za uwłaczającą, właśnie ze względu na domniemane powiązanie ze słowem „niewolnik” w języku tidore.