Od XVII w. zachodnia część wyspy była kolonią holenderską, wschodnia część w XIX w. została podzielona pomiędzy Niemców (część północno-wschodnia – Ziemia Cesarza Wilhelma) i Brytyjczyków (część południowo-wschodnia – Papua). Irian Zachodni był w latach 1949–1962 przedmiotem sporu pomiędzy Holandią a niepodległą Indonezją, do której został przyłączony w 1963 roku. Niemiecki protektorat został w czasie I wojny światowej przekazany Australii i od 1921 jako Nowa Gwinea Australijska stanowił terytorium mandatowe Ligi Narodów, a od 1946 terytorium powiernicze ONZ pod administracją australijską. Północna część wyspy w latach 1942–1945 była okupowana przez Japonię. W jej trakcie Japończycy dopuścili się wielu aktów ludobójstwa na rdzennej ludności wyspy, która wspólnie z Brytyjczykami, Holendrami, a później także z Amerykanami była zaangażowana w walkę o wyparcie z niej agresora. Wcześniej brytyjska kolonia Papua przeszła w 1905 pod zarząd Australii. W 1949 obie administrowane przez Australię części wyspy połączono w jedno terytorium zależne Terytorium Papui i Nowej Gwinei.