Co najmniej jednak w XVII wieku założenie to było krytykowane, ponieważ pozostałości widocznych budowli pochodziły bezsprzecznie z czasów rzymskich, a poza tym położone były zbyt blisko morza.

Hipotezę, iż Troja była miastem usytuowanym na wzgórzu Hisarlık, wysunął jako pierwszy Frank Calvert, archeolog amator pełniący funkcje angielskiego konsula w TurcjiEncyklopedia sztuki starożytnej, dz. cyt., który wcześniej (1868) podjął próbne wykopaliska na należącej do niego części wzgórza. Kierując się jego sugestiami, szeroko zakrojone i planowane prace wykopaliskowe podjął w latach 1871–1890 niemiecki archeolog amator Heinrich Schliemann z asystującym mu od 1882 naukowcem Wilhelmem Dörpfeldem. W ciągu pierwszych trzech kampanii (po wstępnych sondażach w 1870) odkrył pozostałości 9 miast (warstw osadniczych) zakładanych w tym samym miejscu, błędnie uznając II warstwę, w której odnalazł tzw. skarb Priama, za Troję Homerową. Późniejsze badania z udziałem Carla Blegena w latach 1932–1938 przyniosły pierwsze poważne opracowania naukowe wyników trojańskich wykopalisk. W 1988 roku pracę na tym terenie rozpoczęła misja Manfreda Korfmanna z uniwersytetu w TybindzeAgnieszka Krzemińska: Nowa wojna trojańska w „Archeologia Żywa”, dz. cyt.. Dopiero wtedy rozpoczęto działania wykopaliskowe nie tylko na akropolu, lecz również w tzw.