dolnym mieście znajdującym się u jego podnóża i zajmującym kilkakrotnie większą powierzchnię, odsłaniając m.in. wspomniane przez Homera bramy Skajską i Dardańską.
Datowanie Niektórzy uczeni (np. w okresie międzywojennym ) próbowali utożsamiać Troję z miastem zwanym przez Hetytów Wilusa. Jednakże w trakcie sukcesywnych badań ustalono, że najstarsza warstwa archeologiczna (Troja I) odnosi się do niewielkiej osady z wczesnej epoki brązu (3000–2500 p.n.e.), w której odsłonięto ślady pierwszych konstrukcji megaronów. Ten typ budowli szeroko jest reprezentowany w kolejnej warstwie (Troja II) z okresu 2500–2300 p.n.e. Dwie następne warstwy (Troja III i IV) ujawniają fazę zastoju. Ponowny znaczny rozwój cechuje warstwę Troja VI (1700–1250 p.n.e.), o koncepcyjnie zróżnicowanym i dojrzałym architektonicznie planie miasta, zniszczonego jednak trzęsieniem ziemi, zanim jeszcze w następnej, uboższej fazie dotknął je najazd Achajów. Wiadomo, iż ostatnie w ciągu historycznym miasto (Troja IX) zostało założone przez Rzymian jako Novum Ilium w I stuleciu n.e. i wzbogacone o szereg okazałych budowli (buleuterion, teatr), przetrwało do IV wieku.