W 2002 roku Unia Europejska przekazała stowarzyszeniu nadzór nad administracją programu nagród zwanym European Union Prize for Cultural Heritage („Nagroda Europa Nostra”). Celem tego programu jest: promowanie wysokich i rygorystycznych standardów na polu dziedzictwa kulturowego Europy; stymulowanie wymiany doświadczeń i kompetencji na poziomie ponadnarodowym; stymulowanie działań i akcji w ramach rozwoju dziedzictwa kulturowego.
W 2010 roku Europa Nostra otworzyła w Brukseli biuro łącznikowe, którego zadaniem jest koordynacja lobbingu instytucji UE i innych organów europejskich i międzynarodowych z siedzibą w Brukseli, Strasburgu i Paryżu.
W 2011 roku podczas organizowanego przez Europa Nostra Europejskiego Kongresu Dziedzictwa Narodowego w Amsterdamie wraz z 27 innych europejskich i międzynarodowych sieci i organizacji działających na polu dziedzictwa kulturowego utworzono sojusz europejskiego dziedzictwa European Heritage Alliance 3.3.