W 1796 roku opublikował po raz pierwszy w czasopiśmie medycznym doktrynę leczenia podobnym. Opracowaną przez siebie metodę leczenia nazwał homeopatią dla odróżnienia od innych metod leczenia, opierających się na zasadzie „przeciwne leczy się przeciwnym”, po łacinie Contraria contrariis curantur, które nazwał alopatycznymi. Oba terminy (homeopatia i alopatia) są stosowane do dzisiaj. Rok 1796 jest uważany przez homeopatów za rok narodzin homeopatii. Mniej więcej w tym samym czasie Hahnemann rozpoczął leczenie pacjentów według opracowanej przez siebie metody, ku niezadowoleniu innych kolegów lekarzy.
Prowadząc własną praktykę lekarską w Torgau nad Łabą w 1805 roku dalej eksperymentował zmniejszając dawki, aby osłabić silne objawy uboczne, które gnębiły pacjentów po podaniu nalewek z roślin trujących oraz toksycznych leków, do których należały rtęć i arsen.