Dokładnie nie wiadomo w jaki sposób doszedł do drugiego warunku sine qua non w homeopatii, czyli dynamizowania roztworów. Przypuszcza się, że studiując podręczniki z alchemii i przyrody znalazł jakąś wzmiankę i wpadł na pomysł rozcieńczania w wodzie destylowanej i poddawania roztworu serii mocnych wstrząsań poprzez stukrotne uderzanie dnem szklanego naczynia, wypełnionego w dwóch trzecich objętości, o sprężyste podłoże. Tak przyrządzone roztwory z nalewek roślinnych i trucizn zastosował u pacjentów i zaobserwował, że wykazywały silniejszy efekt leczniczy od substancji w stanie czystym lub stężonym, a przy tym nie powodowały objawów niepożądanych. Następnie Hahnemann rozpoczął leczenie pacjentów zdynamizowanymi roztworami, w myśl zasady podobieństwa, ku niezadowoleniu aptekarzy, którzy musieli przygotowywać leki według jego wskazówek.
W 1810 opublikował swoją najważniejszą pozycję książkową – Organon der rationallen Heilkunst (polskie tłumaczenia: „Wykładnia sztuki leczenia” lub „Organon sztuki medycznej”), w której zerwał więzy z ówczesną medycyną uniwersytecką i opisał własne teorie dotyczące medycyny homeopatycznej oraz przemyślenia na temat zdrowia, choroby i leczenia.