Organon stanowi do dzisiaj podręcznik wiedzy o homeopatii klasycznej, wykładnię wszelkich zasad obowiązujących następców Hahnemanna i jest nazywany potocznie „homeopatyczną biblią”.
W latach od 1811 do 1821 Hahnemann przeprowadził liczne eksperymenty ze środkami chemicznymi. Szczegółowe opisy prób z 66 substancjami wykonane na własnej osobie oraz przez licznych ochotników z kręgu rodziny, przyjaciół i studentów, zostały zebrane i opublikowane w sześciu tomach jako Materia Medica Pura.
Idee Hahnemanna nie znalazły powszechnego uznania wśród jego kolegów lekarzy. Był obiektem ataków i krytyki, został posądzony o uprawianie pseudonauki i określony mianem szarlatana.
Hahnemann był przeciwnikiem wykonywania doświadczeń z lekami na zwierzętach. Twierdził, że ich fizjologia za bardzo różni się od fizjologii człowieka oraz ze względu na niemożliwość komunikowania się ze zwierzętami, nie są one w stanie przekazać nam informacji o ewentualnym bólu i zmianach psychicznych, które wywołał u nich testowany lek. Uważał, że optymalna metoda leczenia musi być w stanie testować leki przeznaczone dla ludzi na ludziach.