Takie stanowisko było jak na owe czasy rewolucyjne.
Podczas epidemii tyfusu, która wybuchła w Lipsku w 1813 roku, gdzie wówczas mieszkał, leczył chorych podając im preparaty homeopatyczne i osiągnął (według biografów) lepsze rezultaty niż jego koledzy stosujący metody ówczesnej medycyny uniwersyteckiej. Ten fakt skłonił innych lekarzy do zapoznania się z metodami Hahnemanna, a homeopatia zyskała wówczas na popularności. Jego pacjentem został Goethe, a Hahnemann dostąpił zaszczytu bycia wykładowcą na Uniwersytecie w Lipsku. Krytyka tradycyjnych metod leczenia, niechęć do zawierania kompromisów oraz kłótliwy charakter przysporzyły Hahnemannowi wielu wrogów i zmusiły do opuszczenia Lipska.
Hahnemannowska metoda leczenia zaczęła przenikać poza granice Niemiec. Przeniesienie idei leczenia homeopatycznego do innych krajów i na inne kontynenty przypisuje się niemieckim emigrantom.
W latach 1821 do 1835 mieszkał w Köthen, gdzie prowadził własną praktykę lekarską i pełnił funkcję osobistego lekarza herzoga (księcia) Anhalt-Köthen. W tym czasie napisał pozycję „Choroby przewlekłe”, która została opublikowana w 1828 w Dreźnie. W 1830 roku umarła jego pierwsza żona, Hahnemann miał wtedy 75 lat.