W tym samym roku Henryk powrócił do Anglii podczas kampanii Ryszarda II w Irlandii, odzyskał kontrolę nad posiadłościami Lancasterów, pojmał króla, który abdykował i został uwięziony w Pontefract Castle. Henryk został koronowany jako Henryk IV 13 października 1399 roku. Jego pierwszym krokiem było ustanowienie zasad zarządzania dziedzictwem Lancasterów, znanych jako „Charter of Duchy Liberties”, które przewidywały oddzielne utrzymanie majątku od pozostałych posiadłości korony i dziedziczenie go przez męskich potomków, chroniąc w ten sposób dziedzictwo jego rodziny.
Henryk IV pozostawił zarządzanie księstwem urzędnikom, choć dochody wykorzystywał do celów wojskowych i nagradzania zwolenników. Majątek przeszedł na Henryka V, którego dzierżawcy służyli w kampanii francuskiej zakończonej zwycięstwem pod Azincourt w 1415 roku. Za panowania Henryka VI księstwo finansowało m.in. Eton College (1440) i King’s College w Cambridge (1441). Pod koniec jego rządów wybuchły walki między Yorkami a Lancasterami, a w 1461 roku Edward IV objął tron. Majątek Lancasterów, w tym księstwo, przeszedł w ręce nowego króla, pozostając odrębny od innych dóbr korony. Połączenie domów Lancaster i York za panowania Henryka VII w 1485 roku potwierdziło odrębność księstwa. Dochody finansowały m.in. szpital dla ubogich na miejscu Pałacu Savoy.