Heinrici został wysłany do zakładu dla rekonwalescentów w Karlowych Warach, gdzie miał pozostać przez dłuższy czas.
22 czerwca 1944 w wyniku wielkiej operacji „Bagration”, nastąpiła likwidacja całego zgrupowania Armii „Środek”. Podczas operacji, swojego głównodowodzącego docenił sam Adolf Hitler, polecając ewakuować go z kotła drogą lotniczą i powierzając dowództwo formacji przygotowujących obronę linii Karpat, nazwanej Grupą Armii Heinrici. Zgrupowanie składało się z 1 Armii Pancernej, 1 Armii Węgierskiej, 17 Armii, XI Korpusu Armijnego (w rejonie Dukli), XXIV Korpusu Pancernego, wzmocnionego 1 Dywizją Pancerną, 8 Dywizją Piechoty oraz 208 Dywizją Piechoty.
Tam Heinrici sprzeciwił się praktykom wprowadzanym przez generała pułkownikaZob. wykaz stopni w niemieckich siłach zbrojnych (Wehrmacht) Ferdinanda Schörnera, aby każdego niemieckiego żołnierza znalezionego z dala od linii frontu, na którego padnie choćby cień podejrzenia o dezercję, z miejsca rozstrzeliwać, a ciało wystawiać na widok publiczny ku przestrodze.