Również w czerwcu 1940 przedstawił szereg propozycji dotyczących przesiedleń ludności żydowskiej. Trudności w ich realizacji sprowadzały się do dążenia do wyniszczenia Żydów poprzez ich zagłodzenie i niewolniczą pracę.
W czerwcu 1941 przybył na krótko do Belgradu, gdzie został zastępcą Wilhelma Fuchsa. Brał udział w wysiedleniu tysięcy Słoweńców do obozów koncentracyjnych w Serbii. Następnie powrócił do Poznania. W związku z wybuchem wojny z ZSRR w 1941 możliwości przesiedlania ludności uległy zmniejszeniu. Stąd Höppner stanął na czele urzędu ds. Volkslisty. To on stworzył przepisy, na podstawie których niemożliwe było zawarcie związku małżeńskiego w Warthegau przez Polaka, który nie ukończył 28 lat i analogicznie w przypadku Polek w wieku przed skończeniem 25 roku życia. Były to najostrzejsze przepisy w całej Rzeszy i pomimo nacisków nie zostały zmienione, wobec uporu ich twórcy. Poza tym opowiadał się za zakazem publicznego używania języka polskiego, określeniem znajomości matematyki przez polskie dzieci na poziomie tabliczki mnożenia i jedynie podstawowej znajomości języka niemieckiego. Niemcy zaś mieli znać polskie przekleństwa, by w ten sposób zmuszać Polaków do cięższej pracy.