Jest to dzieło w symboliczny sposób przedstawiające doktrynę gnostycką o wędrówce ducha (πνευμα) w ludzkim ciele. Tomasz Apostoł śpiewa je będąc w więzieniu u króla Mizdajosa oczekując na swoją śmierć. Hymn o perle nie jest organicznie związany z Dziejami Tomasza, niemniej zawiera elementy, dzięki którym wprowadzono go do tekstu: idea „bliźniaka” oraz idea poznania samego siebie. W niektórych rękopisach Dziejów Tomasza brak Hymnu o perle.
Występująca w hymnie perła to według wielu nawiązanie do Mt 13, 46 – Sens tej przypowieści jest taki, że «tak jest z królestwem, jak z człowiekiem, który znalazł jedną perłę». Ta sama idea znajduje się w hymnie. Zdobycie jednej perły oznacza udział w królestwie. Hymn dodaje wiele materiału mitologicznego i teologicznego, ale struktura przypowieści jest wyraźnie widoczna. Z tej samej przypowieści zaczerpnięto również pomysł, że perła została znaleziona przez kupca, główna osoba udaje się do Egiptu drogą, którą podążają kupcy.