XIX wiek Kościół bardzo zniszczono w 1807 r. podczas przemarszów i kwaterowania wojsk francuskich. Budynek był wykorzystywany jako magazyn wojskowy. Nabożeństwa odbywały się w budynku plebanii (w dwóch największych pokojach), dokąd przeniesiono część wyposażenia kościoła. Pod koniec XIX wieku kościół ponownie przeznaczono na cele sakralne. W 1844 r. sprawiono nowe organy za 3600 tal., urządzono nowy prospekt organowy oraz emporę W 1853 r. postarano się o nowy dzwon (dzwon z napisem "Soli Deo Gloria"). Odbudowano go i częściowo rozbudowano, przeprowadzono bardzo poważne prace remontowe, na wiosnę 1866 r. (na okres remontu tymczasową funkcję kościoła pełniła dawna ujeżdżalnia garnizonowa). Przy pracach byli zatrudnieni jeńcy austriaccy (600 osób) sprowadzeni do Karlina po bitwie pod Sadową (3 VII 1866 r.). Podczas tego remontu zmieniono wymiary otworów okiennych w elewacji północnej, odnowiono boczne wejście do kościoła od strony południowej, wstawiono nowe empory, odbudowano zakrystię, dobudowano kruchtę nadając jej inną formę. Zostały sprawione nowe ławki, ambona, ołtarz główny, ufundowano nowe cyborium (puszka do komunikantów), kubek do chrztu, krucyfiks na ołtarz, obraz olejny i lichtarz.