Podobnie zmiany wprowadzone w systemie nie są widoczne od razu w ramach danej powłoki, ponieważ działa ona na kopii zmiennych środowiskowych.
Aby zmiany w zmiennych środowiskowych były trwałe, muszą zostać zmienione odpowiednie wpisy w rejestrze systemowym. Dla danego użytkownika zmienne są w gałęzi HKCU\Environment. Ogólne zmienne znajdują się w gałęzi HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\Environment.
Operacje na zmiennych Trwałe zmiany są możliwe przez modyfikację rejestrów systemowych, ale także przez wybranie kolejno Właściwości systemu → Zaawansowane → Zmienne środowiskowe (Właściwości systemu są uruchamiane np. poprzez jednoczesne wciśnięcie klawiszy i ; w systemie Windows 7 analogiczne okienko jest uruchamianie dopiero po wejściu w Zaawansowane ustawienia systemu).
Zmienne środowiskowe można także zmieniać z linii poleceń, ale tylko dla programów uruchamianych w ramach tejże powłoki (zob. zakres zmiennych w Windows).