Schwytanych i rozpoznanych w punktach zbiorczych rozstrzeliwano zwykle po krótkim przesłuchaniu.
Podczas procesu norymberskiego, jak również w swych powojennych wspomnieniach, wyżsi dowódcy polowi jak Heinz Guderian lub Erich von Manstein twierdzili, iż w ich jednostkach nie stosowano „rozkazu o komisarzach”, ale raporty ich jednostek pokazywały coś innego. W rzeczywistości tylko w jednej dywizji spośród wszystkich wyznaczonych do inwazji na ZSRR oficjalnie zalecono jego niestosowanie. Inne jednostki dokładnie informowały o postępach w wykonywaniu Kommissarbefehl. 18 sierpnia 1941 OKW, po zapytaniach napływających z jednostek frontowych, rozszerzyło zakres obowiązywania rozkazu, dołączając do listy funkcjonariuszy politycznych najniższego szczebla.
Na tyłach armii, obok jednostek Wehrmachtu, w akcji likwidacji komisarzy brały również udział Einsatzgruppen. Oprócz powierzonego im zadania „wyławiania” komisarzy w obozach jenieckich, Einsatzgruppen współdziałały z Wehrmachtem w masowych obławach na komisarzy i innych „podejrzanych”, które prowadzono na tyłach frontu.