Następnie „wytyczne” nakazywały: schwytanych w walce komisarzy politycznych izolować od ogółu jeńców i niezwłocznie likwidować; komisarzy, którzy nie byli podejrzewani o udział w walkach bądź „wrogie czyny” wobec Niemców, jak również komisarzy zidentyfikowanych na obszarze tyłowym armii przekazywać w ręce specjalnych grup operacyjnych niemieckiej policji bezpieczeństwa i SD (Einsatzgruppen), działających na tyłach frontu.
Rozkaz dawał ponadto wskazówki jak zidentyfikować komisarzy politycznych oraz podkreślał, iż wykonywanie jego postanowień nie będzie leżeć w gestii sądów wojskowych.
Realizacja „rozkazu o komisarzach” Mordowanie wziętych do niewoli komisarzy politycznych Armii Czerwonej trwało od pierwszych dni wojny niemiecko-sowieckiej, a szczytowe natężenie osiągnęło w okresie czterech miesięcy poprzedzających grudzień 1941 roku. Tysiące sowieckich oficerów politycznych zabito, zanim ujrzeli obozy jenieckie. Ginęli oni z rąk żołnierzy Wehrmachtu lub Waffen-SS, którzy mieli obowiązek zabijania na miejscu schwytanych w boju i rozpoznanych politruków.