W obozach szczególnie cierpiały dzieci – głód, zimno, choroby były dla nich częściej niż dla dorosłych śmiertelne. Dzieci odebrane rodzicom były osobno przewożone w wagonach bydlęcych (w jednym wagonie przewożono od 100 do 150 dzieci) do obozów śmierci na Majdanku i w Oświęcimiu oraz do fabryk w Rzeszy. Część dzieci zostało przewiezionych do obozu koncentracyjnego dla dzieci w ŁodziJózef Witkowski, Hitlerowski obóz koncentracyjny dla małoletnich w Łodzi, Ossolineum, Wrocław: 1975..
Przeciętnie w obozie przesiedleńczym w Zamościu przebywało ponad 1000 dzieci. Ogółem przez obóz przeszło około 100 000 osób, w tym około 20 procent stanowiły dzieciRoman Hrabar „Czas niewoli czas śmierci”, Interpress, Warszawa 1979, str. 47.
W Auschwitz dzieci z Zamojszczyzny po oddzieleniu od rodziców zostały w tym obozie zamordowane w komorach gazowych bądź uśmiercone zastrzykami z fenoluRoman Hrabar „Czas niewoli czas śmierci”, Interpress, Warszawa 1979, str. 48.
Wieść o dramacie Dzieci Zamojszczyzny szybko obiegła cały kraj. Polscy kolejarze przekazywali wiadomość o transportach dzieci do obozów mieszkańcom miast, w których znajdowały się stacje postojowe.