Życie prywatne W latach 1997–2011 przez 14 lat był w związku ze stylistką i projektantką kostiumów Heidi Bivens. Po wspólnej pracy nad filmem Raj na ziemi, od 2011 zaczął spotykać się z aktorką Jennifer Aniston. Zaręczyli się w sierpniu 2012, a 5 sierpnia 2015 odbyła się niewiążąca prawnie ceremonia ślubna w ich posiadłości. 15 lutego 2018 ogłosili, że pod koniec 2017, po pięciu latach bycia razem postanowili zakończyć swój związek, pozostając w przyjacielskich relacjach. W sierpniu 2024 Theroux zaręczył się z aktorką Nicole Brydon Bloom, z którą zawarł związek małżeński 15 marca 2025.
Filmografia Filmy + Rok Tytuł Rola Reżyser 1996 Strzelałam do Warhola (I Shot Andy Warhol) Mark Mary Harron1997 Romy i Michele na zjeździe absolwentów (Romy and Michele's High School Reunion) kowboj Clarence David Mirkin Utopia (Below Utopia) Daniel Beckett Kurt Voss Dream House (wideo) Mark Brooks Adam Amdur1998 Żaby za węże (Frogs for Snakes) Flav Santana Amos Poe Bronx County (TV) Thomas Carter Dead Broke James Edward Vilga 1999 Policyjna zmowa (Sirens, TV) oficer David Bontempo John Sacret Young 2000 Liga złamanych serc (The Broken Hearts Club: A Romantic Comedy) Marshall Greg Berlanti American Psycho Timothy Bryce Mary Harron2001 The Sleepy Time Gal chłopak Rebekki Christopher Münch Zoolander Zły DJ Ben Stiller Mulholland Drive