Skrzyp zimowy tworzy często rozległe płaty. Rośnie w wilgotnych i świeżych glebach, żyznych, o odczynie obojętnym i zasadowym, często na zboczach. Występuje zazwyczaj w lasach liściastych, zarówno cienistych jak i świetlistych, zwłaszcza łęgowych i grądowych (różne zbiorowiska ze związków Alno-Ulmion i Carpinion betuli), ale też w zaroślach i na łąkach. W syntaksonomii nie ma statusu gatunku wskaźnikowego, choć zaproponowano uznanie go za gatunek charakterystyczny dla wyróżnionych lokalnie zboczowych lasów klonowo-lipowych (zbiorowisko Acer platanoides-Tilia cordata).
Liczba chromosomów 2n = 216.
Systematyka i zmienność Pozycja systematyczna Gatunek należy do rodzaju skrzyp Equisetum i rodziny skrzypowatych Equisetaceae. W obrębie rodzaju reprezentuje podrodzaj Hippochaete. Najbliższym, siostrzanym gatunkiem jest skrzyp gałęzisty E. ramosissimum, wraz z którym tworzy klad siostrzany dla pary gatunków E. laevigatum i E. myriochaetum. Wszystkie te gatunki wyewoluowały w trakcie pliocenu.
Zmienność thumb|Tęższy od euroazjatyckiego skrzypu zimowego podgatunek affine (≡E.