W niezmienionej formie kolegiata dotrwała do I rozbioru Polski.
Zmiany porozbiorowe mały|353x353px|Plan kolegiaty tarnowskiej w 1785 r. według F. Herziga. 1. Nawa (chór większy), 2. Kaplica św. Krzyża, 3. Babiniec, 4. Przedsionek południowy, 5 i 6. Zakrystia, 7. Przedsionek północny (dawny), 8. Kaplica Rozesłania Apostołów, 9. Wieża, 10. Prezbiterium (chór mniejszy), 11. Kaplica Matki Bożej Szkaplerznej, 12. Kaplica św. Anny, 13. Skarbiec i kapitularz, 14. Przedłużenie prezbiterium, 15.Przedsionek skarbca, Nad nr 5. Kaplica Świętych Relikwii. Dekretem z dnia 20 września 1783 roku cesarz Józef II utworzył diecezję tarnowską obejmującą całą zawiślańską część diecezji krakowskiej, wcieloną do Galicji po I rozbiorze Polski. Biskupem nominatem Józefa II został Jan Duwall, zmarł 13 grudnia 1785, nie doczekawszy się prekonizacji. Tarnowska kolegiata miała pełnić funkcję katedry.