W 1712 roku, na piętrze ponad skarbcem, zbudowano Kaplicę Świętych Relikwii z dojściem po schodach od strony nawy. Została nakryta barokową kopułą z latarnią. Budowa miała związek z wizytą prepozyta ks. Piotra Stanisława Orłowskiego w Rzymie, w czasie której papież obdarował go licznymi relikwiami, w tym całym ciałem bł. Felicissimusa, męczennika z 258 roku. 8 września 1712 do nowej kaplicy wprowadzono relikwie bł. Felicissimusa, których obecności tarnowianie przypisywali szybkie zakończenie zarazy w 1705 roku. Ołtarz w niej powstał w 1733 rokuF. Herzig, Katedra, niegdyś kollegiata w Tarnowie, Tarnów 1900, s. 98. W 1780 roku, po przeniesieniu skarbca, kaplicę tę obniżono do poziomu posadzki kościoła. W tym samym czasie zbudowano obecną, dużą zakrystię, a nad nią nowy skarbiec.
Po pożarze miasta w 1735 roku przystąpiono do pokrycia kolegiaty materiałem ogniotrwałym w postaci dachówki. Prace ukończono w 1740, jednak nowy dach przeciekał i w 1757 roku prezbiterium pokryto blachą miedzianą. W tym roku zamontowano też nowe organy. 10 lat później wykonano nową posadzkę za pieniądze uzyskane ze sprzedaży kosztowności ze skarbca kolegiackiego. Odnowiono też przy okazji pomnikiF. Herzig, Katedra, niegdyś kollegiata w Tarnowie, Tarnów 1900, s. 99-100..