Po 1620 roku, naprzeciwko pomnika hetmana, zamontowano dorównujący mu wielkością pomnik księcia Janusza Ostrogskiego (zm. 1620) i jego żony Zuzanny z Serédych (zm. 1596) o renesansowej architekturze wypełnionej w stylu manieryzmu gdańskiego. Autorem pomnika był wrocławianin Jan Pfister. Pomnik wykonywany był od 1612 roku w Brzeżanach i przywieziony stamtąd na wozach przez mieszkańców podtarnowskiej Strusiny.
Dobudowa w stylu barokowym 15 kwietnia 1617 roku pożar dachu nad prezbiterium spowodował stopienie dwóch dzwonów i upadek dwóch następnych. Zniszczeniu uległy akta i przywileje kościelne. Odbudowa trwała kilka lat. W tym czasie do prezbiterium od północy dobudowano skarbiec i kapitularz (obecne przejście do zakrystii). W 1644 roku zamontowano w prezbiterium nowy główny ołtarz. Kolejny pożar w 1663 roku, nazajutrz po uroczystości Bożego Ciała, również dokonał zniszczeń kolegiaty. Ocalały ołtarze i pomniki. Odbudowa, dokonywana dzięki ofiarom kapituły i wiernych, rozpoczęła się w 1667 roku i trwała przez kilka latF. Herzig, Katedra, niegdyś kollegiata w Tarnowie, Tarnów 1900, s. 97..