16 marca 2002 stoczył walkę z Francois Bothą. Początkowo Botha przeważał na ringu, jednak od piątej rundy to Kłyczko zyskiwał i w ósmej rundzie, po serii ciosów i lewym sierpowym, który spowodował upadek Bothy (później się podniósł), sędzia przerwał walkę i ogłosił zwycięstwo Kłyczki, dzięki czemu po raz trzeci obronił on swój tytuł. Trzy miesiące później skrzyżował rękawice z byłym 41–letnim mistrzem olimpijskim i mistrzem świata organizacji WBO Rayem Mercerem. Walka odbyła się 29 czerwca w Atlantic City. Przez cały okres trwania walki przeważał Kłyczko, dwukrotnie posyłając rywala na deski już w pierwszej rundzie. Walka została przerwana w szóstej rundzie przez techniczny nokaut po serii ciosów Kłyczki bez odpowiedzi rywala. Za walkę zainkasował 1,2 mln dolarów. 7 grudnia zmierzył się z Jameelem McCline’m w Las Vegas. Kłyczko przez cały okres starcia przeważał, a pod koniec dziewiątej rundy powalił rywala, ale ten wstał i kontynuował walkę. Jednak przez startem 11. rundy obóz McCline’a rzucił ręcznik na podłogę i tym samym zapewnił Kłyczce 40.