Zadania Urzędu w zakresie regulacji transportu kolejowego to: zatwierdzanie i koordynowanie opłat za korzystanie z przyznanych tras pociągów infrastruktury kolejowej pod względem zgodności z zasadami ustalania tych opłat; nadzór nad zapewnieniem niedyskryminującego dostępu przewoźników kolejowych do infrastruktury kolejowej, w tym przewoźników mających siedzibę w jednym z państw członkowskich; nadzór nad równoprawnym traktowaniem przez zarządców wszystkich przewoźników kolejowych, w szczególności w zakresie rozpatrywania wniosków o udostępnienie tras pociągów i naliczania opłat; nadzór nad poprawnością ustalania przez zarządcę opłat podstawowych za korzystanie z infrastruktury kolejowej oraz opłat dodatkowych za świadczenie usług dodatkowych; rozpatrywanie skarg przewoźników kolejowych dotyczących regulaminu oraz przydzielania tras pociągów i opłat za korzystanie z infrastruktury kolejowej; zbieranie i analizowanie informacji dotyczących rynku przewozów kolejowych; opiniowanie projektów planów transportowych w zakresie przewozów pasażerskich w transporcie kolejowym; opiniowanie projektów umów o świadczenie usług publicznych;