Służbę w organach bezpieczeństwa, wówczas w Zjednoczonym Państwowym Zarządzie Politycznym (OGPU), rozpoczął w październiku 1922 roku. Początkowo, prawdopodobnie ze względu na swój zawód i doświadczenie, był księgowym w Oddziale Specjalnym (ros. OO) 33 i 34 Dywizji Strzeleckiej OGPU. W latach 1925–1928 był pełnomocnikiem w Oddziale Ekonomicznym (EKO) w terenowych organach GPU guberni samarskiej, a następnie do 1929 roku pełnomocnikiem (EKO) w Pełnomocnym Przedstawicielstwie (PP) przy OGPU w jednym z okręgów ZSRR. W sierpniu tego samego roku w został wysłany do Moskwy na kurs w szkole organów bezpieczeństwa wewnętrznego OGPU, który ukończył w 1930 roku. Przez następne 7 lat służył w Moskiewskiej Szkole OGPU/NKWD jako szef jednego z wydziałów laboratoryjnych, a w marcu 1937 roku został przeniesiony do centrali NKWD jako oficer operacyjny 7 Oddziału 8 Wydziału (USO, ewidencyjno-statystycznego) w Głównym Zarządzie Bezpieczeństwa Państwowego. Po reorganizacji organów NKWD w połowie 1938 roku, Basztakow został oficerem operacyjnym w 7 Oddziale Wydziału 1 Specjalnego NKWD ZSRR. W październiku 1938 roku został przeniesiony do 10 Oddziału przy Wydziale 1 Specjalnym na stanowisko jego szefa.