Jeszcze w tym samym roku został zastępcą szefa, a w marcu 1940 roku szefem Wydziału 1 Specjalnego NKWD ZSRR.
Na tym właśnie stanowisku był w składzie wspomnianej wyżej tzw. trójki NKWD, zajmującej się bezpośrednio z ramienia NKWD na polecenie Biura Politycznego WKP(b) wymordowaniem polskich jeńców wojennych w ramach zbrodni katyńskiej.
Basztakow pracował w Wydziale 1 Specjalnym do lutego 1941 roku, czyli do utworzenia odrębnego Ludowego Komisariatu Bezpieczeństwa Państwowego, do którego został przeniesiony na stanowisko szefa Wydziału 2. Po ponownym utworzeniu jednolitego NKWD przeszedł ponownie na stanowisko szefa Wydziału 1 Specjalnego. Później, w lutym 1942 roku, został długoletnim komendantem Wyższej Szkoły NKWD/Ludowego Komisariatu Bezpieczeństwa Państwowego/Ministerstwa Bezpieczeństwa Państwowego ZSRR, pełnił tę funkcję do maja 1947 roku.