W październiku 2018 na ścianie jednego z budynków przy ulicy Kościuszki w Piasecznie powstał mural na podstawie ilustracji Józefa Wilkonia „Arka ze zwierzętami”. thumb|Mural „Arka ze zwierzętami” według grafiki Józefa Wilkonia, Piaseczno, 8 maja 2024 We wrześniu 2022 r. Rada Miejska w Piasecznie podjęła uchwałę w sprawie utworzenia gminnej instytucji kultury pod nazwą „Muzeum Sztuki Współczesnej Józefa Wilkonia w Piasecznie”, której siedzibę zaplanowano w budynku dawnej remizy strażackiej przy ul. Puławskiej 3. Muzeum ma prezentować oryginalne prace artysty, promować sztukę współczesną oraz prowadzić działalność edukacyjną.
W lutym 2025 podczas uroczystości w Domu Pracy Twórczej w Radziejowicach obchodził podwójny jubileusz: 95. rocznicę urodzin oraz 70-lecie pracy artystycznej. Na jubileuszowej wystawie można było z tej okazji zobaczyć prace z różnych okresów jego działalności artystycznej, w tym obrazy z czasów studenckich, kompozycje powstałe podczas plenerów malarskich oraz dzieła z cykli: "Nosiwody" i "Autowidoki". Nie zabrakło także projektów gobelinów, które stanowią istotną część jego dorobku, oraz prac, które nigdy wcześniej nie były prezentowane. Wśród eksponowanych dzieł znalazł się również cykl ilustracji cyfrowych stworzonych do autorskiej książki Zbuntowany Elektron (opublikowanej w 2015).