W 1999 roku PIA wzięły w leasing cztery Boeingi 747-300 (od Cathay Pacific), które zastąpiły starzejące się B747-200M.
W lipcu 2002 PIA nabyły od Cathay Pacific sześć Boeingów 747-300 (pięć z nich wcześniej zostało wziętych w leasing), które obsługiwały trasy do Północnej Ameryki i Europy. W październiku 2002 zakupiono osiem maszyn typu Boeing 777 w trzech różnych wersjach (trzy 777-200ER, dwa 777-200LR i trzy 777-300ER). Jeden z nich, B777-300ER został później zaprezentowany na Air Show w Paryżu w 2005 roku. 3 listopada 2005 PIA podpisały kontrakt na dostawę siedmiu maszyn ATR 42-500, które zastąpiły wysłużone Fokkery F-27.
5 marca 2007 Komisja Europejska zezwoliła PIA na loty do Europy jedynie ośmioma spośród 44 maszyn znajdujących się we flocie, wpisując jednocześnie linie na czarną listę przewoźników, mających całkowity lub częściowy zakaz lotów nad kontynentem europejskimEU to ban most PIA planes. W wyniku kolejnych kontroli, 29 listopada 2007 Unia Europejska usunęła Pakistan International Airlines z czarnej listy.
W kwietniu 2009 zarząd zdecydował o wprowadzeniu długoterminowego planu rozwoju linii, zawierającego m.in. zakup samolotów Airbus A380.