Stalin wraz z żoną zamieszkali na Kremlu. Alliłujewą miała cechować w okresie trwania związku wrażliwość i dobroć, a jednocześnie brak tolerancji dla okrucieństwa i cynizmu, który panował wówczas w sferach rządzących. Było to przyczyną stale narastającego napięcia w związku ze Stalinem, który nie znosił jakiejkolwiek krytyki własnych poczynań. W 1921 została wykluczona z szeregów partii komunistycznej, gdyż według jej kierownictwa nie cechowała jej wystarczająca gorliwość. W tym samym roku urodziła syna Wasilija. W 1926 urodziła córkę Swietłanę. Różnica psychiki, charakterów oraz przeróżne konflikty (często z istotnych powodów) spowodowały, że od samego początku małżeństwo to skazane było na niepowodzenie. Nadieżda Alliłujewa odważnie dobierała sobie przyjaciół, często zdając sobie sprawę, iż byli nielubiani przez Stalina. Jej mentorem, z którego zdaniem bardzo się liczyła, był Nikołaj Bucharin, nie zawsze zgadzający się z polityką Stalina. Jednocześnie rekomendowała Stalinowi Nikitę Chruszczowa, którego często podejmowali na Kremlu.