Po wyjściu z obozu rodzina Skiwskich udała się do Wenezueli. Skiwski pierwotnie planował emigrację do Kanady, lecz władze tego kraju odmówiły jego przyjęcia. Po przybyciu do Ameryki Południowej, Skiwscy (a w zasadzie Rogalscy) zostali umieszczeni w obozie El Trompillo koło Valencii, skąd wyjechali do CaracasM. Urbanowski, Człowiek z głębszego podziemia. Życie i twórczość Jana Emila Skiwskiego, Arcana, Kraków 2003, s. 95–98, 102–110..
25 czerwca 1945 roku prokurator Specjalnego Sądu Karnego w Krakowie Roman Martini postanowił wszcząć dochodzenie w sprawie przeciwko Skiwskiemu i Goetlowi o „działaniu na szkodę Państwa Polskiego we współpracy z niemieckimi władzami okupacyjnymi”. Podstawą wydania nakazu aresztowania była najprawdopodobniej wiedza obu naocznych świadków ekshumacji na temat morderstw popełnionych przez NKWD na oficerach polskich, internowanych w obozie w Kozielsku i zamordowanych w lesie katyńskimM. Urbanowski, Człowiek z głębszego podziemia. Życie i twórczość Jana Emila Skiwskiego, Arcana, Kraków 2003, s. 98–99.. 13 czerwca 1949 roku Jan Emil Skiwski został zaocznie skazany przez Sąd Okręgowy w Krakowie, na podstawie Dekretu PKWN z 31 lipca 1944 roku, na dożywocie oraz utratę praw obywatelskich i publicznych, za „współpracę z okupacyjną prasą niemiecką wydawaną w języku polskim”.