Masa lokomotyw E60 sprawiła, że słabo nadawały się one do obsługi składów pasażerskich. Dużym problemem okazała się skłonność tych lokomotyw do zbaczania podczas przyśpieszania. W rezultacie podczas testów przeprowadzanych przez Federal Railroad Administration dwukrotnie doszło do wykolejenia lokomotyw tego typu. Problemy ze zboczeniem i skutkujące zwiększonym zużyciem szyn i ryzykiem wykolejenia sprawiły, że FRA obniżyła dopuszczalną prędkość maksymalną lokomotyw E60 do 145 km/h (według projektów miała sięgać 193 km/h). W rezultacie Amtrak zrezygnował z dalszych zakupów lokomotyw E60 i zastąpił stare elektrowozy pasażerskie PRR GG1 produkowanymi na szwedzkiej licencji przez General Motors Electro-Motive Division lokomotywami AEM-7.
W 1984 roku po rozpoczęciu użytkowania elektrowozów AEM-7 większość E60 została zmagazynowana. Dziesięć E60CH (958-963, 967, 971-973) zostało w 1984 roku sprzedane firmie New Jersey Transit, E60CH 966 i 968 liniom Navajo Mine Railroad. W 1985 roku NJT odsprzedał lokomotywę numer 961 Navajo Mine Railroad. Lokomotywy E60 należące do NJT zostały wycofane w 1998 roku (zachowano lokomotywę 958), Navajo Mine Railroad wycofał E60 w 2003 roku.