E60MA W latach 1986–1988 Amtrak zmodernizował użytkowane E60. Z lokomotyw E60CP zdemontowano generatory pary, a cztery z nich otrzymały wyposażenie do obsługi wagonów ogrzewanych elektrycznie (HEP). Wszystkie lokomotywy E60 linii Amtrak zostały zmodernizowane, a ich oznaczenie zmieniono na E60MA (Motor Alternating). Otrzymały one także nowe numery z zakresu 600-610 (lokomotywy z HEP) oraz 620-621 (lokomotywy bez HEP). Zmodernizowane lokomotywy ważyły 183 tony, o 10,5 tony mniej niż przed modernizacją. Elektrowozy E60MA przeznaczono do obsługi ciężkich, dalekobieżnych składów pasażerskich takich jak Crescent (Nowy Jork-Nowy Orlean), Silver Meteor (Nowy Jork-Miami), Broadway Limited (Nowy Jork -Chicago), Clocker (Nowy Jork-Filadelfia).
W 2003 roku Amtrak wycofał E60MA. W kwietniu 2004 roku E60 603 została przekazana do muzeum kolei w Lancaster. Pozostałe zostały zezłomowane.
E60C-2 Pomiędzy sierpniem 1982 a styczniem 1983 roku linie Black Mesa and Lake Powell zamówiły dwie dodatkowe lokomotywy W60C w wersji E60C-2. Podobnie jak starsze E60C miały one pojedynczą kabinę maszynisty i pantograf.